Lahirnya Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Brebes dilandasi oleh perkembangan lembaga pendidikan di Kabupaten khususnya SMA/MA dan yang sederajat banyak mengalami kemajuan, baik dari segi sarana maupun prasarana. Rata-rata lulusannya yang melanjutkan ke Perguruan Tinggi di luar daerah 30 %, dan selebihnya 65 % tidak atau belum mendapatkan tempat untuk melanjutkan studinya, dan ini yang menjadi garapan Perguruan Tinggi yang ada di Kabupaten Brebes. Saat ini Perguruan Tinggi yang ada di Kabupaten Brebes sebagian besar belum mandiri atau merupakan kuliah jarak jauh yang menurut aturan yang sebenarnya tidak diperbolehkan.

Sekolah Tinggi Agama Islam Cirebon (STAIC) merupakan salah satu Perguruan Tinggi dengan kuliah jarak jauh yang ada di Kabupaten Brebes sejak lama yaitu tahun 2000 sampai dengan tahun 2004. Melihat animo masyarakat Kabupaten Brebes khususnya yang begitu besar dan antusias, maka para kaum Cendekiawan Brebes yang membidangi Sekolah Tinggi Agama Islam Cirebon (STAIC) terpanggil untuk mendirikan Sekolah Tinggi Mandiri di Brebes, apabila belum ada satupun Perguruan Tinggi Islam yang ada di wilayah Brebes.

Berdasarkan hal tersebut di atas, kehadiran Perguruan Tinggi Islam di Kabupaten Brebes menjadi tuntutan obyektif dan sangat dibutuhkan, Karen banyaknya lulusan sekolah-sekolah Islam, seperti Madrasah dan Pesantren setingkat sekolah lanjutan atas yang ingin melanjutkan studinya dan adanya dorongan untuk memajukan masyarakat Brebes yang selama ini banyak memanfaatkan Perguruan Tinggi yang pembelajarannya menggunakan sistem kelas jauh, ini disebabkan oleh factor belum lahirnya Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Brebes.

Dilandasi semangat untuk mencetak sarjana muslim di Kabupaten Brebes, dan dalam rangka memenuhi standarisasi pendidikan keguruan bagi guru Sekolah Dasar/Madrasah Ibtidaiyah, Sekolah Menengah Pertama/Madrasah Tsanawiyah yang sebagian tenaga pengajarnya masih ada yang lulusan SMA, SMK dan MA, maka pada hari Kamis tanggal 6 Januari 2005 dengan ( Akta Notaris Ny. Chasanah, S.H, Nomor : 21) para aktifis Cendekiawan Muslim Brebes mendirikan Yayasan Insan Madani Brebes yang kemudian menjadi payung bagi lahirnya Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Brebes didirikan  pada bulan September dengan dengan SK Ijin Operasional dari Dirjen Bagais Departemen Agama RI. Maka dengan ini yang semula Sekolah Tinggi Agama Islam Cirebon (STAIC) berubah secara resmi menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Brebes dengan dukungan dari semua pihak antara lain : Bupati, DPRD, Pondok Pesantren dan Tokoh Masyarakat.

Dalam Perjalananya STIT Brebes Selalu melakukan pembenahan dan pengembangan sehingga sekarang telah berubah nama menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Brebes, termasuk akreditasi dan pengembangan Program Studi baru. STAI Brebes pada awalnyaberu memiliki satu Program Studi yaitu Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dan sudah TERAKREDITASI oleh BAN-PT dengan nilai B berdasarkan surat keputusan Nomor: 119/SK-BAN-PT/Akred/S/V/2014, tentang status, Peringkatdan Hasil Akreditasi Program Sarjana di Perguruan Tinggi. Sebagai Follow up dari rencana strategis pengembangan  tersebut, maka pada fase berikutnya STAI Brebes membuka Program Studi Baru untuk jenjang Strata-1 (S-1) yaitu: Program Studi Hukum Ekonomi Islam (HESy) Jurusan Syariah (SK Penyelenggaraan Program Studi No. 1891 Tahun 2012tertanggal 02 Oktober 2012) dan Bimbingan Konseling Islam (BKI) Jurusan Dakwah (SK Penyelenggaraan Program Studi No. 1891 Tahun 2012 Tertanggal 02 Oktober 2012).